La stagione vide il trasferimento dei Cardinals da Saint Louis a Phoenix ed il loro cambio di denominazione a Phoenix Cardinals. La squadra rimase comunque nella DivisionNFC East.
La stagione fu l'ultima che vide la presenza di Tom Landry come allenatore dopo 28 anni ininterrotti nei Dallas Cowboys.
Venne standardizzato il sistema di cronometraggio tra due giochi: per le situazioni normali il tempo a disposizione dell'attacco per la ripresa del gioco venne fissato a 45 secondi, per le riprese del gioco dopo un time out o una sanzione arbitrale il tempo venne fissato a 30 secondi dal momento della segnalazione dell'arbitro di riprendere il gioco.
Venne stabilito che durante un'azione di extra point, un fumble potesse essere recuperato solo dal giocatore che lo ha commesso.
Venne stabilito che la penalità inflitta per un'entrata di corsa sul calciatore (running into the kicker) fosse di 5 iarde e non più di 5 iarde e un primo down.
Venne stabilito che l'arbitro principale indossi un cappellino bianco, mentre gli altri un cappellino nero. Dal 1979 al 1987 avveniva il contrario.
I play-off iniziarono con i Wild Card Game il 24 e 26 dicembre 1988. I Divisional Playoff si giocarono il 31 dicembre e il 1º gennaio 1989 e i Conference Championship Game l'8 gennaio. Il Super Bowl XXIII si giocò il 22 gennaio al Joe Robbie Stadium di Miami.
^Indianapolis finì davanti a New England in base ai migliori risultati contro gli avversari comuni (7–5 contro 6–6 dei Patriots).
^Philadelphia finì davanti ai N.Y. Giants in base ai risultati degli scontri diretti(2–0).
^Washington finì davanti a Phoenix in base ai migliori risultati nella Division (4–4 contro 3–5 dei Cardinals).
^Cincinnati ottenne il seed 1 su Buffalo in base al risultato dello scontro diretto.
^Cleveland finì davanti a Houston in base ai miglior risultati nella Division (4–2 contro 3–3 degli Oilers).
^Detroit finì davanti a Green Bay in base ai risultati degli scontri diretti (2–0).
^San Francisco finì davanti ai L.A. Rams e a New Orleans in base ai migliori risultati negli scontri diretti (3–1 contro 2–2 dei Rams e 1–3 dei Saints).
^San Francisco ottenne il seed 2 su Philadelphia in base ai migliori risultati contro gli avversari comuni (6–3 contro 5–4 degli Eagles).
^I L.A. Rams finirono davanti a New Orleans in base ai migliori risultati nella Division (4–2 contro 3–3 dei Saints).
^I L.A. Rams ottennero il seed 5 sui N.Y. Giants in base ai migliori risultati nella Conference (8–4 contro 9–5 dei Giants).